전자식물검역증명서(ePhyto)와 수출검역증명서: 신청 서류, 22개국, 전송 조회 방법
식물을 수출하려는 사람은 그 식물이 수입국 요구사항을 충족하는지 식물검역관에게 검역을 받아야 하고, 합격하면 검역증명서를 받거나 전자식물검역증명서(ePhyto)가 상대국으로 전송됩니다(식물방역법 제28조, 수출식물의 검역요령 제5조). 농림축산검역본부는 2026년 7월 7일 ePhyto 교환 국가가 22개국이 됐고, 7월 6일부터 전송 현황을 온라인으로 직접 조회할 수 있다고 발표했습니다.
흔한 오해가 둘 있습니다. 하나는 검역증명서가 2일이면 나온다는 말입니다. 제가 확인한 식물방역법, 시행규칙, 검역요령 조문에서는 발급 소요일을 정한 문구를 찾지 못했고, 「2일」은 검역에서 불합격했을 때 사유를 알려 주는 기한(검역이 끝난 후 2일 이내, 시행규칙 제37조 제2항)에 나옵니다. 다른 하나는 ePhyto 번호가 나오면 통관이 끝난다는 생각입니다. 번호는 상대국에 증명서가 전달됐다는 뜻이고, 수입요건 일치와 수입국의 통관 절차는 따로 남습니다. 아래에 신청, 검역 방법, ePhyto, 발급 뒤 문제가 생기는 경우를 2026년 10월 13일에 확인한 자료 기준으로 정리했습니다.
목차
수출검역은 이렇게 신청합니다
식물방역법 제28조 제1항은 식물 등을 수출하려는 사람이 수입국 요구사항을 충족하는지 검역을 받도록 하고, 합격하지 못하면 수출하지 못한다고 정합니다. 다만 수입국이 검역증명서를 요구하지 않는 식물 등은 예외입니다. 신청은 시행규칙 제35조에 따라 검역신청서에 아래 서류를 붙여 검역본부 지역본부장 또는 사무소장에게 내며, 방법은 서면, 우편, 팩스, 정보통신망 중에서 고릅니다(검역요령 제3조 제1항).
| 서류 | 내용과 조건 | 근거 |
|---|---|---|
| 검역신청서 | 별지 제25호서식 | 시행규칙 제35조 제1항 |
| 수입허가서 | 수입국이 수입허가서를 발행하는 경우만 첨부 | 시행규칙 제35조 제1항 제1호 |
| 수출국 발행 식물검역증명서 | 재수출하는 경우만 첨부 | 시행규칙 제35조 제1항 제2호 |
| 수출(입) 검역 대상식물 명세서 | 품목이 2개 이상인 경우만 첨부(별지 제5호서식) | 시행규칙 제35조 제1항 제3호 |
| 수입국의 요구 사항 | 수입국이 증명서에 추가 기재사항을 요구하는 경우만 첨부 | 시행규칙 제35조 제1항 제4호 |
| 재배지검역 합격증명서 사본 | 수입국이 증명서에 재배지검역 결과를 부기하도록 요구하는 품목. 종자는 재배지별 종자생산내역서 사본을 추가 | 검역요령 제3조 제4항 |
대리인이 증명서를 받으려면 검역신청서의 신청인 요구 사항란에 대리인의 성명, 상호, 전화번호를 적습니다(검역요령 제3조 제3항). 종이 증명서가 2부 이상 필요하면 같은 란에 필요한 부수와 목적을 적습니다(제3조 제2항).
검역 방법과 증명서 발급 방식
식물검역관은 수출자가 신청한 일시와 장소에서 가능한 검역을 하고, 그렇게 할 수 없으면 그 사유를 미리 알려야 합니다. 신선도 유지가 필요 없는 소량은 지역본부나 사무소에서 검역을 받게 할 수도 있습니다(검역요령 제4조 제1항). 검역 방법은 검역요령 제2조에 네 가지로 정의되어 있습니다.
| 구분 | 뜻 |
|---|---|
| 현장검역 | 검역장소에서 수출물품의 수입국 우려병해충 감염과 금지품 여부를 검역 |
| 실험실정밀검역 | 채취한 병해충과 시료를 실험실에서 현미경 관찰, 배양 등으로 정밀 검사 |
| 서류검역 | 현장검역과 실험실정밀검역을 생략하고 검역신청서, 가공공정서 등 서류를 확인 |
| 재배지검역 | 수입국 요구에 따라 식물이 자라는 동안 우려병해충 발생 여부를 검역 |
가공품목이나 서류검역 대상식물은 현장검역을 생략할 수 있습니다. 다만 우려병해충 검출이 의심되면 현장검역과 실험실정밀검역을 할 수 있습니다(검역요령 제4조 제2항). 수입국 검역기관과 약정이 있으면 그 약정을 따릅니다(제4조 제3항). 수입국 요구가 있으면 검역본부가 수출검역단지를 지정해 재배지 검사를 하는 방법도 법에 있습니다(식물방역법 제28조의4).
수입국이 재배시설 등록을 요구하는 경우에는 재배시설 대표자가 재배시설등록(변경) 신청서를 수출 20일 전까지 내야 합니다. 지역본부장 또는 사무소장이 10일 이내에 현지를 확인하고 상대국 요건에 적합하면 지정번호를 부여해 등록증을 줍니다(검역요령 제8조 제1항, 제2항).
검역 결과 수입국 요건에 적합하면 식물검역관이 현장에서 증명서를 발급하거나 ePhyto를 전송합니다(검역요령 제5조 제1항). 증명서 기재사항은 영문으로 적고(제5조 제4항), 수입국이 요구하면 재배지검역이나 실험실정밀검역 결과를 부기란에 적습니다(제5조 제11항). 검역에 불합격하면 검역이 끝난 후 2일 이내에 사유를 서면 또는 말로 알립니다(시행규칙 제37조 제2항).
ePhyto는 번호로 조회하고 22개국과 교환합니다
검역요령 제2조는 전자식물검역증명서를 국제식물보호협약에서 정한 표준 전자형식에 따라 국가 간에 전송되는 검역증명서로 정의합니다. 검역본부 설명에 따르면 종이 증명서는 국제우편이나 특송으로 상대국에 닿기까지 수일이 걸리지만, ePhyto는 발급 즉시 상대국 검역당국에 전송되고 위·변조 위험도 줄어듭니다.
ePhyto 전송을 요청한 건에는 종이 증명서를 발급하지 않는 것이 원칙입니다. 전송 과정에 문제가 있거나 상대국이 요청하면 종이 증명서를 발급할 수 있고, 둘 다 발급되면 ePhyto를 유효한 증명서로 먼저 인정합니다(검역요령 제5조 제2항). 상용화 국가에서는 종이 원본을 내거나 발급받지 않고 ePhyto 번호 제출만으로 통관할 수 있다고 검역본부가 안내합니다.
| 구분 | 국가와 조건 | 기준 |
|---|---|---|
| 교환 국가(4개국) | 미국, 뉴질랜드, 칠레, 태국 | 검역본부 공지 2026.1 |
| 호주 | 호주로 수출되는 한국산 농산물만 해당 | 검역본부 공지 2026.1 |
| 일본 | 일본의 내부규정 개정 전까지 수출화물은 ePhyto 전송과 종이 검역증 병행 발행. 수입화물은 일본이 ePhyto를 전송했으면 ePhyto로, 종이 검역증을 발행했으면 종이로 통관 예정 | 검역본부 공지 2026.1 |
| GeNS 사용 11개국 | 스리랑카, 과테말라, 이스라엘, 파나마, 요르단, 우간다, 튀니지, 마다가스카르, 카메룬, 피지, 사모아 | 검역본부 공지 2026.1 |
| 2026년 7월 추가(5개국) | 아르헨티나, 프랑스, 이탈리아, 덴마크, 몰타 | 검역본부 보도자료 2026.7.7 |
| 예정 | 올해 하반기 EU 11개국과 상용화를 추진하고, 필리핀·중국 등 아시아 주요 교역국과 협의를 이어갈 계획 | 검역본부 보도자료 2026.7.7 |
교환 국가 목록은 계속 바뀌므로 선적 전에 검역본부 공지에서 상대국이 포함됐는지, 조건이 붙어 있는지 확인해야 합니다.
발급 뒤에 문제가 생기는 네 가지 경우
2026년 7월 6일부터 수출입업체는 검역기관에 문의하지 않고도 검역본부 누리집과 식물검역 온라인민원시스템에서 ePhyto 전송과 수신 현황을 24시간 조회할 수 있습니다. 수출검역증 조회 화면에서는 검역증번호, 검역증 발급 기간, 국가명으로 찾습니다.
| 상황 | 무엇을 하나 | 근거 |
|---|---|---|
| 발급 전: 수입요건이 맞지 않음 | 수입허가서, 추가 기재사항, 재배지검역 같은 수입국 요구를 검역 신청 전에 확인해 서류를 갖춥니다. 갖추지 못하면 합격하지 못해 수출할 수 없습니다 | 식물방역법 제28조 제1항, 시행규칙 제35조 제1항 |
| 발급 뒤: 상대국이 받지 못함 | 같은 신청을 다시 내지 말고 발급 기관에 검역증번호와 상대국명을 알려 상태를 확인합니다. 국제기준은 수입국 검역기관이 가져오지 못하면 수출국 검역기관이 원본 전자증명서를 다시 전송하도록 안내합니다 | ISPM 12 부록 1 제5.1항(2014년판) |
| 기재 내용이 틀림 | 수하인, 도착항, 수량 같은 내용이 틀리면 PDF를 고쳐 보내지 않습니다. 국제기준은 기존 전자증명서를 취소(revoke)하고 새 번호의 대체 증명서를 발급하도록 안내하며, 증명서의 수정은 피해야 한다고 적습니다 | ISPM 12 제2.2항·제2.3항, 부록 1 제5.2항(2014년판) |
| 선적 취소 | 발급 뒤 선적하지 않은 화물의 전자증명서는 수출국 검역기관이 취소하도록 국제기준이 안내합니다 | ISPM 12 부록 1 제5.3항(2014년판) |
상대국이 증명서를 받았다고 통관이 끝나는 것은 아닙니다. 예를 들어 EU에서는 TRACES-NT가 IPPC ePhyto 허브와 연결되는 접속점이고, 회원국 당국이 「IPPC ePhytos」 탭에서 EU가 목적지인 ePhyto를 가져와 식물·식물제품 공통건강반입서류(CHED-PP)로 복제하는 절차가 있습니다. 이 안내는 회원국 당국용이라, 수입자가 해야 할 일은 상대국 담당 기관에 확인해야 합니다.
선적 전에 남길 기록과 수입자 확인문
아래 기록은 법령이 요구하는 서류가 아니라, 문제가 생겼을 때 어디에서 막혔는지 가려내려고 남겨 두는 것을 제가 권하는 항목입니다.
| 남길 기록 | 쓸모 |
|---|---|
| 검역 신청서 사본과 담당 지역본부 또는 사무소 | 발급 기관에 문의할 때 신청을 특정 |
| 검역증번호와 발급일 | 온라인 조회와 재전송 요청의 기준 |
| 전송·수신 상태 조회 화면 | 상대국 미수신인지 통관 문제인지 구분 |
| 수입자에게 번호를 보낸 이메일과 회신 | 누가 번호를 받아 조회하는지 확인 |
ePhyto가 줄이는 것은 종이 원본을 보내는 시간과 분실·위변조 위험이고, 수입요건 확인과 검역, 선적, 수입국 통관은 그대로 남습니다.
자주 묻는 질문
휴대하거나 우편으로 보내는 식물도 증명서를 받아야 하나요?
검역요령 제5조 제3항은 휴대나 우편으로 수출할 때 식물검역합격증표를 발급할 수 있다고 하면서, 양국이 합의한 규정이 있거나 상대국 수입요건상 증명서가 필요하거나 부기사항이 필요하면 수출검역증명서나 ePhyto를 발급·전송해야 한다고 정합니다. 상대국 요건을 먼저 확인해야 합니다.
인터넷으로 신청할 수 있나요?
검역요령 제3조 제1항은 수출검역 신청을 서면, 우편, 팩스, 정보통신망으로 할 수 있다고 정합니다. 화면과 절차는 검역본부가 안내하므로 식물검역 온라인민원시스템에서 확인합니다.
ePhyto를 받으면 종이 증명서도 받을 수 있나요?
전송을 요청한 건은 종이 증명서를 발급하지 않는 것이 원칙입니다. 전송 과정의 문제나 상대국의 요청이 있으면 종이 증명서를 발급할 수 있고, 둘 다 있으면 ePhyto를 유효한 증명서로 봅니다(검역요령 제5조 제2항).
상대국이 수입허가서를 요구하면 어떻게 하나요?
수입국이 수입허가서를 발행하는 경우에는 검역신청서에 수입허가서를 첨부합니다(시행규칙 제35조 제1항 제1호). 허가서가 필요한 품목인지는 상대국 기관에 먼저 확인해야 합니다.
검역에서 불합격하면 알려 주나요?
식물검역관은 검역이 끝난 후 2일 이내에 불합격 사유를 신청인에게 서면 또는 말로 알려야 합니다(시행규칙 제37조 제2항). 이후 재검역 같은 절차는 이 글에서 확인하지 못했습니다.
농림축산식품부 「농산물 검역, 전자식물검역증명서(ePhyto)로 더 믿을 수 있고, 빠르고 편리하게!」 농림축산검역본부 보도자료(2026. 7. 7.)
식물검역 온라인민원시스템 공지 「전자식물검역증명서(ePhyto) 상용화 국가 현황(17개국)」(2026. 1. 2.)
국가법령정보센터 「식물방역법」 제28조·제28조의4(시행 2026. 6. 16., 법률 제21802호)
국가법령정보센터 「식물방역법 시행규칙」 제35조~제37조(시행 2026. 4. 22., 농림축산식품부령 제764호)
국가법령정보센터 농림축산검역본부고시 제2026-24호 「수출식물의 검역요령」(시행 2026. 6. 23.)
IPPC ISPM 12 「Phytosanitary certificates」(2014년판) 제2.2항, 제2.3항, 부록 1
European Commission TRACES-NT 「IPPC ePhyto connection」
최종 확인: 2026년 10월 13일